Просмотр кода страницы Майнор Биоинформатика 2 год 2024/25

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
 Накоп = Округление(0.4*ДЗ  +  0.4*ПРОЕКТ), где
 ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть
 ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
 ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
 Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 09.01
||
Введение в эпигеномику  [https://docs.google.com/presentation/d/1YimPR-KzqwwolJ2SwbeUSYqiJNmtNIvp/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools 
[https://colab.research.google.com/drive/1jQOyXoqdZsnDwXn53wpxf3tDtuFGuf_y?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 16.01
||
Метилирование ДНК (введение) [https://docs.google.com/presentation/d/1aP6mQBnXY-3dtgucSDh2BLiTNgFbUn8p/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Анализ частоты CpG [https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 23.01
||
Методы определения метилирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1APnZWEFZZIiAZQCbpmP6NOuyhsNdIMIK/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] 
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК  [https://docs.google.com/presentation/d/1sLeI5insSQQF0WtiJcyGpO7Lr3Y_7Rxs/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 4
|| 30.01
||
Модификации гистонов, проект ENCODE [https://docs.google.com/presentation/d/1t6q8UIaEgODyJP9ea8JdwnQW2DDFnweG/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] 
||
Структура гистонов в pymol. Знакомство с Encode.
|-
| 5
|| 06.02
||
ChIP-seq [https://docs.google.com/presentation/d/116g77bvDtFEh1tf1nCGfB5UfjnFuPoOf/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] 
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов 
|-
| 5
|| 13.02
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) [https://docs.google.com/presentation/d/15op2dKfqtb9QW1zTm9867EIXLxp6cbNP/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy [https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка] 
|-
| 7
|| 20.02
||
ChromHMM [https://docs.google.com/presentation/d/1BBCi6WUBEdUS_1vky6UKGiKtM6d2kFlS9UEvpPPsQgE/edit?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM [https://docs.google.com/document/d/1G5T6NO4f769bvVnoGs7kOHdPIbO5NLHj9clu4E-95YE/edit?usp=sharing текст]
|-
| 9
|| 27.02
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика [https://docs.google.com/presentation/d/1CLVlaTxMi_6PBPNbkf9PkcQxxLE0YTyV/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 10
|| 06.03
||
Введение в структуру хроматина [https://docs.google.com/presentation/d/1bSrhcY8aKIYZWiHLTpBIUh74NtnFQZLg/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
higlass: [https://docs.google.com/presentation/d/1hUqZK7bGBe7pkfdIQALxqiH_AzLDfmYO/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 12
|| 13.03
||
3-dimensional genome [https://docs.google.com/presentation/d/1lMWd_4UpTBfWjrprgEY4krbwCmHB-KRu/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] 
||
Работа с данными HiC 
|-
| 13
|| 20.03
||
3-dimensional genome (часть 2) [https://docs.google.com/presentation/d/16mHjHIB287RwQO9NMBbMaFLVGTn_DCxl/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды] 
||
Cooltools. Cooler
|-
| 13
|| 18.04
||
Chromatin structure: feature calling [https://docs.google.com/presentation/d/1fFmed9Q88KJM7WPgSkGEyIJyyjCI4TVvm-Mb8j2yMrs/edit?usp=sharing слайды] 
|| Chromatin structure: feature calling
|-
| 14
|| 25.04
|| Квиз
|| Проект (введение)
|-
| 15
|| 15.05
||
Проект (выбор организмов и организация в группы)
|| -
|-
| 16
|| 22.05
||
Проект (вводные презентации групп)
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта 
|-
| 17
|| 29.05
||
Проект (вводные презентации групп 2)
|| 
|-
| 18
|| 05.05
||
Предзащита проекта
|| 
|-
| 19
|| 19.05
||
Экзамен
|| 
|-
|}

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
 Накоп = Округление( Среднее(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)*0.8 )
 Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
 В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===
{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 05.09
||
Введение в молекулярную биологию [https://docs.google.com/presentation/d/12oKuLshen8uNRDt4oGRLy2KB_tSSM6kM/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция] 
||
Создание аккаунтов на серверах [https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=IMwjTw инструкция]
|-
| 2
|| 12.09 
||
Методы секвенирования ДНК [https://docs.google.com/presentation/d/1KJkfCy8emELTJvQ7XhTknNJdCH9Dh2oD/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true лекция]
|| Введение в github и Google colab. Sra toolkit [https://colab.research.google.com/drive/1BEYKTOqEHpV0-NpnK7Z_OLr9uD7VTB0Q?usp=sharing тетрадка]
|-
| 3
|| 19.09
||
Сборка генома [https://docs.google.com/presentation/d/11Wp82OFmap_FrFOBNDORlOUdKLpQrhU7/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ1''' Сборка генома [https://docs.google.com/document/d/1crbL0gFkk2kBEFMSB9gfqFCCE1LeV9wf61u3l0Q2ADo/edit?usp=sharing текст]
|-
| 4
|| 26.09
||
Алгоритмы предсказания генов [https://docs.google.com/presentation/d/1evCi5vem8cybj-m3IyEUY1LEqjvt_m2G/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]

||
Алгоритмы предсказания генов. Практика
|-
| 5
|| 03.10
||
Аннотация функций генов [https://docs.google.com/presentation/d/1Ct7lvWRWiPuKaRBDKtxHM5E4sXEN-LGN/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома  [https://docs.google.com/document/d/1IVYr_tCQwJmstoXm8Mzs5P6qYLWrTOJhiN8u3Fn7ZX0/edit?usp=sharing текст]
|-
| 6
|| 10.10
||
Сдвиг рамки считывания [https://docs.google.com/presentation/d/1yQgQUQm-kwYxZLXSIPgoiHlNZWUjsupa/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар 
|-
| 7
|| 24.10
||
Геном человека и некодирующие РНК  [https://docs.google.com/presentation/d/1Ej6zMr7t979QKULmTQOeCNMExD5Rd3LU/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ3''' Предсказание генов [https://docs.google.com/document/d/1Z7D_lD1XCBrbj-3xcvW1klgtN96ks-AbGPae_vMGAtQ/edit?usp=sharing текст]
|-
| 8
|| 31.10
||
Введение в РНК-сек  [https://docs.google.com/presentation/d/12j8h7g6biR1L28TXsN8K3I2kuSpBC4Uy/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
Семинар о РНК-сек
|-
| 
|| 
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
| 9
|| 07.11
||
Анализ данных РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/14YX0cJuSRs33FSZRO64VG851Mjqq37ch/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ4''' РНК-сек [https://docs.google.com/presentation/d/1ZFBj0o-Hv7sECVVPSx7ULhOHKIz2bYeX/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
|-
| 11
|| 14.11
|| 
Секвенирование отдельных клеток [https://docs.google.com/presentation/d/1TkAd7eVwyzJOvxHX1HquhIwWHJGRoepv/edit?usp=sharing&ouid=109540323021403462314&rtpof=true&sd=true слайды]
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек 
|-
| 12
|| 21.11
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
|| Разбор '''ДЗ5''' single cell РНК-сек 
|-
| 13
|| 28.11
|| GWAS 
|| GWAS
|-
| 14
|| 05.12
|| Метагеномика. Лекция [https://docs.google.com/presentation/d/1igHG5VHqRrtmkTNgjRHvFtiR6a7YdxpjBVXat4FtWqI/edit?usp=sharing ссылка]
|| Семинар
|-
| 15
|| 12.12
|| Заключение
|| Заключение. Дописывание квиза.
|-
| 16
||  19.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}