https://wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4_2021%2F22
Майнор Биоинформатика 1 год 2021/22 - История изменений
2026-06-08T07:51:39Z
История изменений этой страницы в вики
MediaWiki 1.45.3
https://wikicshse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_1_%D0%B3%D0%BE%D0%B4_2021/22&diff=1270&oldid=prev
imported>Dkonovalov: Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru
2022-06-01T08:32:11Z
<p>Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru</p>
<p><b>Новая страница</b></p><div>'''Часть 1. Биоинформатика ДНК, РНК и белков (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции и семинары</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 0.''' Организационная. Начало Лекции 1.<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1''' Базы данных геномов бактерий. Файлы аннотации геномов генами. Стренды.<br /> <br />
[https://drive.google.com/file/d/1dHBtuFLZ6A82C7PcY_8KJTLUu-RYXvv2/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eOHa1N9d9kEb4py_omwMacccHxtd_VaL/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Поиск информации в файлах.<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1SeCPSKKS6u8yQm33GBeHpa54z8kOp3-L/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/15GE3CiAMLPR8VfpkdOWdTJt_gDEeX0nx?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Секвенирование от метода Сангера до технологий следующего поколения. Геном человека. Повторы. Однонуклеотидные замены и структурные варианты. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/16RDfXuWOE_aXx9gZbZ9GveRuwF6EKjKx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' UCSC genome browser. Геном человека. Строение генов. Треки консервативности, SNPs, структурных вариантов, повторов. Скачивание полного генома человека. Table browser. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/19F3gLK9SVt2exD-Q_znbHwsyIU_jHGs-/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 4.'''Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Kolkm1n6lQR_wPfcL25g8mnsPzr-RCVw/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4. 29.09.21'''Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/17rukeKHkpa90P7Jh9Bmzctg1kuJptwKi/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
'''Семинар 4.5 06.10.21'''Программа BLAST.<br />
[https://docs.google.com/document/d/1AUOK9IF7ip7uo8hfyKwOc3fzUX4sO6poCQ5lU9bBgU0/edit?usp=sharing содержание]<br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.'''Модели эволюции аминоклислотных последовательностей. Матрицы PAM и BLOSUM. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1ByPuofZmv30TSyyr-XloGkY9xdazGLmx/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.'''Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1U52hrgdZwiKwHhBvX7uuQJhpOcVubWBo/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1QO2uTHF-gwnLzXZC6vXTX0BhtokHHDvm?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/134zLTklVjmCVHKqn14IwVF3oBjmGVogc/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Построение филогенетических деревьев на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13Zfsb84kjTuifvF5zoeFLZeWW_lWKqal/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1mJLah0BeSrD73csEM8Z4S2Yo3mzL13sB?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.'''Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей (продолжение). Филогенетика. Горизонатльный обмен генов. Методы построения филогенетических деревьев. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1q0XiLdai3yXIqFp8k_AaHKvv8EM2CX9w/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Поиск белков в Swiss-Prot по мнемонике функции. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Филогенетика и астробиология. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1PDFp-ywMJajc7VUMgasqjLeKZF8ZE3on/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1sUjWA4BVaLHRvLkIrOfq3lrKvxjHKeA7?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Zj8AfLZ1T1pbubL1aFwIrd8P9qyBb7OP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1lTZzYFuAiXwk_4QeFCjamtCHyHEQu4E2/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V8OSFcppbhs7b_vfzgb35AoEyMhPvmx9?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Поиск горизонтально перенесенных генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1khL281gk5Xf1ET2yVARxc1lFu4NxECN1/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1RjGaez7OJUeeqS9zyqajttPLFq7e2VE-/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1JNT9GAfcd8ToEcazhfeuIH4nVxoPT_XE?usp=sharing данные] <br />
<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Знакомство с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1wwz6tlrVigM_Ojb3Ufa2LEmaIMcedu8x/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
'''Семинар 11.''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1cGiPXzRZLNaOpHJt2Ie4P8TKv6qfcRbu/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1osr24p0uDgArx2A9N16opT1eiBq8nwUV?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Моделирование взаимодействия между SARS-Cov-2 RBD (receptor binding domain) и ACE2 <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Y9oZcUtMT3Mzn22wSY4QtMkY6KM2y-Xx/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1Slnoc8HY6q_4oYbZJW5fTUC1HNQ_s9Mr?usp=sharing данные]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2 Медицинская биоинформатика (Модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов. <br />
<br />
<br />
'''Лекция 1-2''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1rypY5xkiT9hsFt_LxK1EUrECVKOEUu0Y/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3''' Введение в геномику человека. Первый проект "Геном человека". Секвенирование методом Сангера. Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zBl-gSU2bnZu0dai4u5fRncT2WxFOhOE/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Ct7imUf_bp-ewuWUDpP8A-izawLm690m/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 5''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/194mgVTf3XKhY1VVYGwoDcSfaKgq1K8Hy/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 6''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/13rMYlILA_vCtsN7pE2JKlVSc8pz2uJNP/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/18Q-sVIyRzU-XI-IDhO_r7MIw3sVrMe_t/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
Семинары<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Предсказание генов de novo. Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1eWgF8If1flQNreteHkaCxLMG8A86uVCv/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/13Sa_-T4kfDm447IJp1JnVYCAqLa4iu8C?usp=sharing данные] <br />
<br />
'''Семинар 2.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1FKCS0ti3v4FiLywArj-yYNxKUNG1hScf/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1RJTSrO1rktplznk087ELtcBxjlYGRRYb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br />
<br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1H1dBsZiSSBKNATe3I3QWZL4cOHkOICxp/view?usp=sharing содержание] <br />
Подробное описание тестирования на ассоциацию и конкретные примеры см. в следующем семинаре.<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Tw2EHFbJ83Vp44BomiebedD8t_y1pgPB/view?usp=sharing содержание] <br />
<br />
'''Семинар 5.''' GWAS Catalog, eupedia, phenotype-Genotype Integrator, plink <br /><br />
[https://docs.google.com/document/d/149yB8vDqIB7MpVmmHmpETgsrz2dCZSvecGoAHA58EOc/edit?usp=sharing содержание] <br />
<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://docs.google.com/document/d/16QKf1GEegdAQs7XD3dmA_fXCYo1Ygwf7/edit?usp=sharing содержание] <br />
<br />
'''Семинар 7.''' Распространение гаплогрупп, поиск гаплогруппы А.С.Пушкина, PCA-анализ популяций <br /><br />
[https://docs.google.com/document/d/14-grhkVBFZX_n-yy4yrJiTKOL8DBVbZ0/edit?usp=sharing содержание] <br />
<br />
'''Лекция 8''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1-Pw4A7vQTa6IsX2YgBOd-vFXBbhHVtqQ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[Работа на семинаре с карточками генов и карточками пациентов]<br />
<br />
[https://docs.google.com/spreadsheets/d/19rdvD-Rm_aAVIXhpsKPsy1WcZTxoCmmhlaFXR5W8MS0/edit?usp=sharing Материалы к семинару]<br />
<br />
'''Лекция 9''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e_3JGQlSi9rQFUve_TtCIFdZTdAFxLrJ/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1e-yL-I6RVe9ldyNkEMVIwnRbxqbrVo2C/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1V9nfP7FUqkJwqoBCPRG5gS_nb10Rk6i5?usp=sharing данные]<br />
[https://colab.research.google.com/drive/1n-Y-vAffar6FOyVtB5tBAygOyINP5LpY?usp=sharing Обновленная версия блокнота]<br />
<br />
'''Лекция 10''' Boston gene. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1Vrb5LWlS4tUeUgu4irDWDj0iPr9_OTSN/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11''' Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJ-HyaNfw8sYa7NMXgdwWWbAUB1yp56S/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/file/d/1qu4UPtSVnml-pBEzZDZaa1RMqJYuLIr7/view?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Лекция 12''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1xVWaToO_WZux7o8LSHZ5D7aWQo0eRJum/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 12.''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/14mcPPj8zhmQQZm07eW-MGmvAcsPA5ePC/view?usp=sharing содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1smG0oev1XK4Bugn9oKHaW2EUTcmWXuB_?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Лекция 13''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, Z-ДНК <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1c0Mii0ai9-PZvBAqiDbz3mND-g5IlV6t/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1zOpPSocsHX9238L2HW6GqTZbi9VTTiW0/view?usp=sharing содержание] [https://colab.research.google.com/drive/1piNkkGdHny6kjtdYsw_ZDV32Ruh5CGT6?usp=sharing Блокнот]<br />
<br />
'''Лекция 14''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1NwKPxNYRo1Shl1skn0oSbXXSazf0G0V-/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://docs.google.com/document/d/1tCXm7p-1oUyCT2bBVjC6FRqYDfiJHKbe4sjzjp9FgtI/edit?usp=sharing содержание] <br />
<br />
'''Лекция 15''' Транскрипционные факторы и мотивы. Позиционно-весовые матрицы. Генные сети. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1QJW8NGXME-o5a5cWtFPIo0Tj3OGpsaFl/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 16.''' Insilico Medicine. Pandomics. <br /><br />
[https://drive.google.com/file/d/1GIaFS8YQ-YMdC_9xOqSBTjzjRPsxrzna/view?usp=sharing презентация]<br />
<br />
'''Лекция 17''' MS Decisions-Кирилл Песков. Математическое моделирование в разработке лекарств: Фармакометрика vs Статистика. <br /><br />
<br />
'''Лекция 18''' MS Decisions-Виктория Кулеш. Smart data science в разработке лекарств и здравоохранении: искусственный интеллект, машинное обучение, принятие решений.<br /><br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1pln5aM2meC5DPFPojCTJiuzWt6QOL1ko?usp=sharing презентации]<br />
<br />
<br />
<br />
[https://drive.google.com/drive/folders/1PPqZpnsC9pslzqOJ2VixFNeEgxGfxdPO?usp=sharing '''Books''']</div>
imported>Dkonovalov