https://wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_2_%D0%B3%D0%BE%D0%B4_2021%2F22
Майнор Биоинформатика 2 год 2021/22 - История изменений
2026-06-06T13:53:15Z
История изменений этой страницы в вики
MediaWiki 1.45.3
https://wikicshse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%B0%D0%B9%D0%BD%D0%BE%D1%80_%D0%91%D0%B8%D0%BE%D0%B8%D0%BD%D1%84%D0%BE%D1%80%D0%BC%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0_2_%D0%B3%D0%BE%D0%B4_2021/22&diff=1276&oldid=prev
imported>Ivan antonov: /* Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику */
2022-06-19T12:43:23Z
<p><span class="autocomment">Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику</span></p>
<p><b>Новая страница</b></p><div><br />
== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==<br />
[https://www.hse.ru/edu/courses/346231907 Страница курса]<br />
<br />
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0rIn0TKC6SFd80nMNxycf3H Видео всех лекций и семинаров]<br />
<br />
== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==<br />
[https://www.hse.ru/edu/courses/346231221 Страница курса]<br />
<br />
[https://youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pUC2TmTTnc87ZQphTOtGCu Видео всех лекций и семинаров]<br />
<br />
=== Формула расчет оценки ===<br />
Накоп = Округление(0.5*(ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4)/4 + 0.5*ПРОЕКТ)<br />
Если Накоп >=6, то студент может получить Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.<br />
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп добавляется 0.3*Э.<br />
Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале<br />
<br />
=== ПРОЕКТ ===<br />
* [https://docs.google.com/document/d/1kU0Q6192Wc4tE080A2ZqZUFkjX7Ls_OVvc2gIDuKYx0 Инструкции для выполнения проекта (индивидуальная часть)]<br />
** Вопросы по индивидуальной части проекта -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]'''<br />
* [https://docs.google.com/document/d/1c-IRwkKbArffkN1RVJHRD_iX0J41pCBBcVPCRd0ExYc Инструкции для выполнения проекта (групповая часть)]<br />
** Вопросы по групповой части проекта -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''<br />
<br />
=== Домашние задания ===<br />
* [https://docs.google.com/document/d/1igEZMUzpndO9n5V0lYjWedxZ0zMDVLbB8XoEiasEK5w/edit Домашнее задание 1 - Метилирование ДНК]<br />
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/Murad_Omar Мурад Омаров]'''<br />
* [https://docs.google.com/document/d/1bPVShA20DJureQI5SPLIb8_Ls3vTnrX46WunIZkpgFk/edit Домашнее задание 2 - Модификации гистонов]<br />
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]'''<br />
* [https://docs.google.com/document/d/1Kq3_L6URKQy5O2hg6qmfKQVgOm7fayuZ-BZsdQ7LCA4/edit Домашнее задание 3 - ChromHMM]<br />
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/zelenea Елена Зеленова]'''<br />
* [https://docs.google.com/document/d/1iHAbO8ygHzO8tXACq_bMFZ1oIp8sl5goqv-KMMOiZ8k/edit Домашнее задание 4 - single-cell RNA-seq]<br />
** Вопросы по ДЗ и его проверке -- '''[https://t.me/markmitt Марк Гарницкий]'''<br />
<br />
=== Лекции и семинары ===<br />
* Занятие 1:<br />
** [https://youtu.be/xMmLFWcwa5I Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Введение в эпигеномику''': [https://drive.google.com/file/d/15YfpPcPlrvQJEIHv1CuwotOnJEDZMSAI/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''Формат .bed и утилита bedtools''': [https://drive.google.com/file/d/166d5i3n3xcrK1AzczHynawLrGZ-HtjVH/view?usp=sharing слайды] | [https://colab.research.google.com/drive/1Xni3_z0mD7RSIdxUtOsiM6oWecDYZ6xH?usp=sharing Google Colab ноутбук]<br />
* Занятие 2:<br />
** [https://youtu.be/uWbqlGCopTY Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Метилирование ДНК (введение)''': [https://drive.google.com/file/d/1N6fjXW7hKuQASbgK_ERIuSr62d6ZlUNF/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''Метилирование ДНК (рассказ про ДЗ-1, Мурад Омаров)''' <br />
* Занятие 3:<br />
** [https://www.youtube.com/watch?v=Fk_-uRiB7hA&list=PLEwK9wdS5g0pUC2TmTTnc87ZQphTOtGCu&index=3 Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Методы определения метилирования ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1QJoKQT8lFjlaPIm8qmkpaVrK1TBKaL9t/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''Анализ частоты CpG''': [https://colab.research.google.com/drive/1qlZ6LCmrzVPItzMGCEgVc8OqfB6p2742#scrollTo=G-2YPdmFQoLo Google colab]<br />
* Занятие 4:<br />
** [https://www.youtube.com/watch?v=lZlLCxZ5A0o Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Модификации гистонов (введение), проект ENCODE''': [https://drive.google.com/file/d/1TfKWkSw58-bmN7ISU7qDZJKmLaCPV1GE/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''Модификации гистонов (рассказ про ДЗ-2, Марк Гарницкий)'''<br />
* Занятие 5:<br />
** [https://youtu.be/KSprBrOW1z0 Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Детали ChIP-seq -- получение антител, контроль и визуализация данных''': [https://drive.google.com/file/d/1bQ42hP34VKujMWLG_sEC2wP-a5u5JcIR/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''NSG-plot (бонусное задание к ДЗ-2, Марк Гарницкий)'''<br />
* Занятие 6:<br />
** [https://youtu.be/c4Kqb0W0QxQ Видео лекции]<br />
** Лекция '''Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq)''': [https://drive.google.com/file/d/1b3BtMKFEakvtf_php88q9GGWlu1TTjEM/view?usp=sharing слайды]<br />
* Занятие 7:<br />
** [https://youtu.be/Gn0FNATr9Lk Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''ChromHMM''': [https://drive.google.com/file/d/1ce2B12d6XHiDw-SIxSbrA0PGc5cQ1_xH/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''ChromHMM (домашнее задание № 3, Елена Зеленова)'''<br />
** Дополнительная информацию по алгоритму ChromHMM:<br />
*** Оригинальная статья: [https://drive.google.com/file/d/1uftwCcvl1lW4sAVPvka0JFIr5A9kLbF6/view?usp=sharing Ernst and Kellis, 2010] ([https://drive.google.com/file/d/1IpAnwt87zd_BDBHR1OegFKyPSonJdTvY/view?usp=sharing доп. материалы])<br />
*** [https://drive.google.com/file/d/13arbMnbZ0Cgpj_vD-Aq2KtBjPQyoNFgR/view?usp=sharing Manual], [https://drive.google.com/file/d/1HkinpVOt0mZiYvICZiIz7i9YgnlSLYXJ/view?usp=sharing Tutorial]<br />
*** [https://youtu.be/qaalIf6bn1k?t=3679 Запись лекции автора ChromHMM Манолиса Келлиса из MIT]<br />
* Занятие 8:<br />
** [https://youtu.be/cZdfKDz-rWE Видео лекции]<br />
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - scRNA-seq''': [https://drive.google.com/file/d/1enSPQ0fWlHQSRNXdFNCV7Xf2ec29xeJZ/view?usp=sharing слайды]<br />
* Занятие 9:<br />
** [https://youtu.be/roWUZcMF3VU Видео лекции]<br />
** Лекция '''Одноклеточное секвенирование - эпигеномика''': [https://drive.google.com/file/d/1XW0vlNyD81_bwoBXbgrSLI41KnJ9nZus/view?usp=sharing слайды]<br />
* Занятие 10:<br />
** [https://youtu.be/bywqe5_Ck9k Видео лекции]<br />
** Лекция '''Филогенетика''': [https://drive.google.com/file/d/1kE_rbne5e2-pMgLBh34-zEyKxIE8-R39/view?usp=sharing слайды]<br />
* Занятие 11:<br />
** [https://youtu.be/Tpkue0vnjV4 Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Генетическая инженерия 1 -- введение''': [https://drive.google.com/file/d/1mrOpFc0qKOd-ErOuinTPat6el_XtPrUE/view?usp=sharing слайды]<br />
* Занятие 12:<br />
** [https://youtu.be/qM0sga4nrvQ Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Генетическая инженерия 2 -- CRISPR'''<br />
** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4)'''<br />
* Занятие 13:<br />
** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Генетическая инженерия 3 -- CRISPR'''<br />
** Семинар '''Работа в лаборатории'''<br />
* Занятие 14:<br />
** [https://youtu.be/BK1aib2Ml64 Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Генетическая инженерия 4 -- стволовые клетки'''<br />
** Семинар '''single-cell RNA-seq (домашнее задание № 4 - обсуждение)'''<br />
* Занятие 15:<br />
** [https://youtu.be/E7MFLzMoa78 Видео лекции и семинара]<br />
** Лекция '''Вторичные структуры ДНК''': [https://drive.google.com/file/d/1ypI_MkwDOe0IsEmiIsNhpdYEFygtFhhI/view?usp=sharing слайды]<br />
** Семинар '''Проект - введение'''<br />
* Занятие 16:<br />
** Лекция '''In Silico Medicine''': [https://youtu.be/tx5S9NfvZtA Видео]<br />
** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/ikFokCLMrh4 Видео]<br />
* Занятие 17:<br />
** Лекция '''MS Decisions''':<br />
** Семинар '''Проект (индивидуальная часть)''': [https://youtu.be/Y8sPgiDXP6I Видео]<br />
* Занятие 18:<br />
** Лекция '''Алан Герберт (Z-DNA)''': [https://youtu.be/EZFeXivuQL8 Видео]<br />
** Семинар '''Проект (групповая часть)''': [https://youtu.be/7tjQOKyhLNM Видео]<br />
* Занятие 19:<br />
** Защиты проекта группами: [https://youtu.be/4vP0GPiwZ4Q Видео]</div>
imported>Ivan antonov