imported>Ivan antonov: Поменял местами модули

2023-08-14T15:24:58Z

Поменял местами модули

Новая страница

== Модули 1 и 2 - Анализ данных секвенирования ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление( (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ДЗ4+ДЗ5+квиз)/6 )
Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== Лекции и семинары ===

[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0pQQKURj55oeaxQ0FpJNsQo Записи всех лекций и семинаров]

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 08.09
||
Введение в молекулярную биологию --
[https://youtu.be/lvqxhF0Yfuo видео],
[https://drive.google.com/file/d/1Ka_0ZNoz9sfYMnsxgu3nl84-7biACr7q/view?usp=sharing слайды]
||
Создание аккаунтов на серверах --
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ESGMr8zIPhNEim1lssAaLbQBbd4atyLfPdioG96l2SZxww?e=yodd5R Инструкция 1],
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:p:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/ETv2W6XIVMlHhCkRYuBjbQsB7-tWr1pA3FrV9tZ7aip7OQ?e=W12GF5 Инструкция 2],
[https://eduhseru-my.sharepoint.com/:x:/g/personal/dkonovalov_hse_ru/EQ9D33jzsPBEmntI8ijNBS0BRc01RU4mmnBCmDMNw4vfhg?e=hO4XDu Таблица]
|-
| 2
|| 15.09
||
Методы секвенирования ДНК --
[https://youtu.be/JqK2EXwyDT0 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1RqVQzbmJuz_8n66No_Eq0n_m1hmi8RJk/view?usp=sharing слайды]
|| Введение в github и Google colab
|-
| 3
|| 22.09
||
Сборка генома (Артем Касьянов) --
[https://youtu.be/0X7pbcVo8ys видео],
[https://drive.google.com/file/d/1UrV8C8wUsAo5Z3Kq_MuuKRT6C8YokykK/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ1''' Сборка генома (Дмитрий Меньщиков) --
[https://youtu.be/mww_FcvkScI видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1vpFZF5F82_xjZPXGcm-ADsh4yhiWc_sUirHaFtQGNDA/edit задание]'''
|-
| 4
|| 29.09
||
Алгоритмы предсказания генов --
[https://youtu.be/mJJbV6bJC9I видео],
[https://drive.google.com/file/d/1XId9DdtndZqzcOlUt519KuFh6GbDbTLv/view?usp=sharing слайды]
||
Разбор домашнего задания 1 --
[https://youtu.be/hfV4x24tGVc видео],
[https://drive.google.com/file/d/1XNE-HZz5uUssyxvM290d6x--iG2rhNnl/view?usp=sharing слайды]
|-
| 5
|| 06.10
||
Аннотация функций генов --
[https://youtu.be/hBsa_WgKwCU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1bO7e7TvNavHUsBXMAn5NjVwPvsJ_m2dM/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ2''' Аннотация генома (Иван Геворков) --
[https://youtu.be/YKtfkmwdfJQ видео],
[https://colab.research.google.com/drive/12XnH8WmwZ8gz4o4rDLNrJB0XuIAL72Hr?usp=sharing тетрадка],
'''[https://docs.google.com/document/d/1hDFQYynGaRw43X5QlyPbMek5DDHvKFvzIJZJfSZnjWk/edit задание]'''
|-
| 6
|| 13.10
||
Сдвиг рамки считывания --
[https://youtu.be/nt2nt6wXQ14 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1dYyIVzwkqfFTqSTYX7kFNtyldFcHSQ1a/view?usp=sharing слайды]
||
Подготовка к домашнему заданию 3 (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/Th_BLnSERsc видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1zP82fz-IAhdlxlrQiwpz2bjEavYUCQU_?usp=sharing тетрадка]
|-
| 7
|| 20.10
||
Генная инженерия (Анатолий Зубрицкий) --
[https://youtu.be/ziidx82nAOA видео],
[https://drive.google.com/file/d/1jTL_LELFZc8faKzwTPfnOzCDe59GdwbQ/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ3''' Предсказание генов (Дмитрий Бушнев) --
[https://youtu.be/U5WuigrZvr8 видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1bJnuCnWStcupKug_l1N9yaVxfmqtIORn?usp=sharing тетрадка],
'''[https://docs.google.com/document/d/1Z7og5KC2rNgTxrsglcwNWdsqMuPLZnIyQbPZX-VkEts/edit?usp=sharing задание]'''
|-
|
|| 27.10
!scope="row" colspan="2"| Сессия
|-
| 8
|| 03.11
||
Геном человека и некодирующие РНК --
[https://youtu.be/w9osm8OXQaA видео],
[https://drive.google.com/file/d/1o62kgUXVHPxrOh0DDcmH-RJaq11tIhpD/view?usp=sharing слайды]
||
Повторы в геноме человека (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/oQmClx83BNQ видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1ACHzlef1u9vidHHocV87cFPMFw-Pke_N?usp=sharing тетрадка]
|-
| 9
|| 10.11
||
Введение в РНК-сек (Анатолий Зубрицкий) --
[https://youtu.be/wo7MC1MSt8o видео],
[https://drive.google.com/file/d/1zmFcAB36_b6HDrsm49fPk5oCMqH5i5t1/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ4''' РНК-сек (Дмитрий Бушнев) --
[https://youtu.be/ATaTRS4ldY0 видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1em3ictlXzfacZqaG5Rn5i3QAnvNlT-eKPP4yV24_8M4/edit?usp=sharing задание]'''
|-
|
|| 17.11
|colspan="2" style="text-align: center;"| -
|-
| 10
|| 24.11
||
Анализ данных РНК-сек --
[https://youtu.be/_C0Qo2u98cg видео],
[https://drive.google.com/file/d/1s4JYjnPmStFGWen7fx9nTJuZgdA5PIZd/view?usp=sharing слайды]
||
Анализ данных РНК-сек --
[https://youtu.be/PC9NV1HfBAU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1s7e2-bCAa4YfCV7H92RguiCditda0sJS/view?usp=sharing слайды]
|-
| 11
|| 01.12
|| Проверочная работа по теме РНК-сек
||
'''ДЗ5''' single cell РНК-сек (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/-6syXyay2yE видео],
[https://drive.google.com/file/d/1syVhN5IafP1jLUs5Ox9bOpIJWsQvrlMI/view?usp=sharing слайды],
'''[https://docs.google.com/document/d/1VFGHdig_5A6UsRJsmuaqDh3LBoXnKLVmhv9bAfVY3E0/edit задание]'''
|-
| 12
|| 08.12
||
Секвенирование отдельных клеток (Анатолий Зубрицкий) --
[https://drive.google.com/file/d/1tofQ6N7UYhaouDC_8gnJVkf9s2p0a1FQ/view?usp=sharing слайды]
|| GWAS и популяционная генетика
|-
| 13
|| 15.12
||
Развитие жизни на Земле --
[https://drive.google.com/file/d/1uiBu1HJ5g02QFR9TAcRaJIEwN87QthOd/view?usp=sharing слайды]
|| Разбор оценок за все ДЗ
|-
| 14
|| 22.12
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}

== Модули 3 и 4 - Введение в эпигеномику ==

=== Формула расчет оценки ===
Накоп = Округление(0.5*ДЗ + 0.5*ПРОЕКТ), где
ДЗ = (ДЗ1+ДЗ2+ДЗ3+ХР)/4
ХР=(0.5*ДЗ4+0.5*квиз)
ПРОЕКТ = 0.7*Инд_часть + 0.3*Групповая_часть

Студент имеет право зачесть Накоп в качестве итоговой оценки, не приходя на экзамен.
В случае сдачи экзамена к оценке Накоп '''добавляется''' 0.3*Э. Экзамен письменный, оценивается по 10-бальной шкале

=== ПРОЕКТ ===
* [https://docs.google.com/document/d/1A1lqSbI7bTBetwCoNZIuxQ2QvupbUcAjaKV-X31pav4/edit?usp=sharing Инструкции для выполнения проекта]

=== Лекции и семинары ===
[https://www.youtube.com/playlist?list=PLEwK9wdS5g0qvZ1dO-dAxqGLGafjlXBNl Записи всех лекций и семинаров]

{| class="wikitable"
|-
! # !! Дата !! Лекция (11:10 - 12:30) !! Семинар (12:40 - 14:00)
|-
| 1
|| 19.01
||
Введение в эпигеномику --
[https://youtu.be/VEe4DRuL3E4 видео],
[https://drive.google.com/file/d/197lHizC7dxyWF9Or7-BAVtEUUM3YUy8r/view?usp=sharing слайды]
||
Формат .bed и утилита bedtools (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/7LZX93Jrx5s видео],
[https://colab.research.google.com/drive/12KTBm9wAQGoLmKjPIkublh6zjw4njlRl?usp=sharing тетрадка]
|-
| 2
|| 26.01
||
Метилирование ДНК (введение) --
[https://youtu.be/T2qrBr092Ig видео],
[https://drive.google.com/file/d/1CoFnoYfSX2upXNvNT1Sw6dlAcKeiI6J_/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-1''' Метилирование ДНК (Егор Фурсов) --
[https://youtu.be/UfA1v9boSYw видео],
[https://drive.google.com/file/d/1DnljcuBgninbEommCLm8gObYa74nvMmb/view?usp=sharing слайды],
'''[https://docs.google.com/document/d/1JVDjncf7GVNnedVyGENkWDJHUgcRdAbX4RIuDl44D9Y/edit задание]'''
|-
| 3
|| 02.02
||
Методы определения метилирования ДНК --
[https://youtu.be/ohqb4f9QXSI видео],
[https://drive.google.com/file/d/1LqB3HhmGhC2DY190d8JAQ7XQNaIqK3Tj/view?usp=sharing слайды]
||
Анализ частоты CpG (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/_RxsnIceOFI видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1hkMeUfRTvbfBn-FUPdZ_S1b7X-PJKn_V?usp=sharing тетрадка]
|-
| 4
|| 09.02
||
Модификации гистонов, проект ENCODE --
[https://youtu.be/z25ouKG9YqI видео],
[https://drive.google.com/file/d/1QcL0iyQ6uoxlFGuW5tuHSdVEbqzBuR8b/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-2''' Модификации гистонов (Иван Геворков) --
[https://youtu.be/an5ZU-e6sGA видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/1D6jDSxFTR2fFBk94U9kbXsdJ5v55E2G7dRdFTEE7A-Q/edit?usp=sharing задание]'''
|-
| 5
|| 16.02
||
ChIP-seq --
[https://youtu.be/gt1LcWgOJIs видео],
[https://drive.google.com/file/d/1QSr2LHrW1y-xfqa6dHuxou02ms-QohvI/view?usp=sharing слайды]
||
NSG-plot (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/C2kkLyFPlZ4 видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1SuU_WIYZcKzIynIKWi5fqkearYvTeK4W?usp=sharing тетрадка]
|-
|
|| 23.02
|colspan="2" style="text-align: center;"| Выходной (день защитника Отечества)
|-
| 6
|| 02.03
||
Доступность хроматина (DNAse-seq и ATAC-seq) --
[https://youtu.be/02euh43y5fY видео],
[https://drive.google.com/file/d/1pSgALPmyHkPBIawILYrrv5Sx0xPZKcGj/view?usp=sharing слайды]
||
Пайплайны в биоинформатике. Nextflow, galaxy (Дмитрий Коновалов) --
[https://youtu.be/rTT90s__I-U видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1XFxzhKXOfLS3NgWzCxkvl4vPVr9AyazZ?usp=sharing тетрадка]
|-
|
|| 09.03
|| -
|| -
|-
| 7
|| 16.03
||
ChromHMM --
[https://youtu.be/lYtcOk9GWhU видео],
[https://drive.google.com/file/d/1-Cu59Osfa6lElpUtykQdmChPMtTIXtsR/view?usp=sharing слайды]
||
'''ДЗ-3''' ChromHMM (Дмитрий Меньщиков) --
[https://youtu.be/27G5uSLESWE?t=682 видео],
'''[https://docs.google.com/document/d/10Fi1JC5DOCkbSYRvbMy3L5VMOmR5bYCDc4VYlgeqF2I/edit задание]'''
|-
| 8
|| 23.03
||
Одноклеточное секвенирование - эпигеномика --
[https://youtu.be/C4wNYF9I5Uo видео],
[https://drive.google.com/file/d/11Wb0XVGJ0S7hsVLr58ijBIxBhMVbVl12/view?usp=sharing слайды]
||
Виртуальные окружения и VS Code --
[https://youtu.be/NlVY0TCqsmo видео],
[https://docs.google.com/document/d/1-xiuzGdldSnNDOD8HjE4HN59FRFPm1JzII2cW1ieaeY/edit?usp=sharing заметки]
|-
|
|| 30.03
|colspan="2" style="text-align: center;"| Сессия
|-
| 9
|| 06.04
||
Введение в структуру хроматина --
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8 видео],
[https://drive.google.com/file/d/1ShjC4BwnMBy5bqfM3uEUICnRKGsP0Iaw/view?usp=sharing презентация]
||
higlass:
[https://youtu.be/TRVF1AQSRx8?t=5785 видео],
[http://higlass.io/l/?d=LMb6eMieSiCVkp0JoK1juQ ссылка 1],
[http://higlass.io/l/?d=EltOzSM-SdO6aLWnuCaMjg ссылка 2]
|-
| 10
|| 13.04
||
3-dimensional genome (сhromatin conformation analysis) --
[https://youtu.be/-rdl_5r_ECw видео],
[https://docs.google.com/presentation/d/1yg-5z5kfswh7_8D1Y1OmBx_nzVXEl6XN/edit?usp=sharing&ouid=101690403665513115529&rtpof=true&sd=true презентация]
||
Работа с данными HiC --
[https://youtu.be/JLOd3lFzpgo видео],
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing материалы],
[https://colab.research.google.com/drive/1lsPiDVsKf7DZ3C-MKn3gFXLeBYsVqE3t?usp=share_link тетрадка]
|-
| 11
|| 20.04
||
3-dimensional genome (часть 2) --
[https://youtu.be/XjKu3Yv3c5g видео]
||
Cooltools. Cooler --
[https://youtu.be/VmkWkajO8hY видео],
[https://colab.research.google.com/drive/1vcxV9b_GD4oYD5LR5m5HTsF_1cfGUmr7?usp=sharing Тетрадка],
[https://drive.google.com/drive/folders/142vwyCNlcN3tfBeelfohtKnqmjzzVjcD?usp=sharing данные]
|-
| 12
|| 27.04
||
Chromatin structure: feature calling --
[https://youtu.be/rOdANjyWEb4 видео]
|| Квиз
|-
|
|| 04.05
|colspan="2" style="text-align: center;"| Майские праздники
|-
| 13
|| 11.05
||
Проект (введение) --
[https://youtu.be/As32dzBOX_4 видео]
|| -
|-
| 14
|| 18.05
||
Проект (выбор белков и организация в группы) --
[https://youtu.be/1NuH2Z4RTgY видео]
|| -
|-
| 15
|| 25.05
||
Проект (вводные презентации групп) --
[https://youtu.be/NSRA2xLXzqY видео]
||
Инструкции для выполнения индивидуальной части проекта --
[https://youtu.be/tosO3MSYuu0 видео]
|-
| 16
|| 01.06
||
Проект (вводные презентации групп 2) --
[https://youtu.be/hhAEjb-swds видео]
||
Проект (групповая часть) --
[https://youtu.be/bZQFRPRWJH0 видео]
|-
| 17
|| 08.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Защита проектов группами -- [https://youtu.be/HXi8yeIw00s видео]
|-
| 18
|| 15.06
|colspan="2" style="text-align: center;"| Экзамен
|-
|}

Майнор Биоинформатика 2 год 2022/23 - История изменений

imported>Ivan antonov: Поменял местами модули