https://wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=%D0%9C%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B9_%D1%81%D1%82%D1%80%D1%83%D0%BA%D1%82%D1%83%D1%80%D1%8B_%D0%A0%D0%9D%D0%9A_%28%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82%29Моделирование пространственной структуры РНК (проект) - История изменений2026-06-06T22:55:44ZИстория изменений этой страницы в викиMediaWiki 1.45.3https://wikicshse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B9_%D1%81%D1%82%D1%80%D1%83%D0%BA%D1%82%D1%83%D1%80%D1%8B_%D0%A0%D0%9D%D0%9A_(%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82)&diff=1204&oldid=previmported>Aozalevsky: Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru2014-12-18T15:20:14Z<p>Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru</p>
<p><b>Новая страница</b></p><div>=== Что это за проект? ===<br />
Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.<br />
<br />
=== Чему вы научитесь? ===<br />
* Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.<br />
* Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.<br />
* Приобретете опыт по разработке веб-сервисов научной направленности.<br />
<br />
=== Какие начальные требования? ===<br />
* Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.<br />
* Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.<br />
* Базовые знания ОС GNU/Linux.<br />
* Базовые знания Shell, Perl, Python.<br />
<br />
=== Какие будут использоваться технологии? ===<br />
* mercurial/git<br />
* Shell, Python<br />
* [http://www.gromacs.org GROMACS]<br />
* [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]<br />
* [http://www.pymol.org PyMOL], [http://jmol.sourceforge.net Jmol]<br />
* [http://www.web2py.com/ Web2Py]<br />
<br />
=== Темы вводных занятий ===<br />
* Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.<br />
<br />
=== Направления развития ===<br />
* Использовать возможности Nvidia CUDA для работы с линейной алгеброй<br />
* Задокументировать и опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО.<br />
* Опубликовать статью о веб-сервисе в рецензируемом англоязычном журнале.<br />
* Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных.<br />
* Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.<br />
<br />
=== Критерии оценки ===<br />
4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда, реализовать минимальный фронтэнд. <br/><br />
6-7 Реализовать полноценные бэк- и фронтэнды, задокументировать код.<br/><br />
8-10 Опубликовать исходные коды под одной из лицензий для СПО. uuПринять участие в подготовке статьи к публикации.</div>imported>Aozalevsky