https://wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=%D0%9C%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B9_%D1%81%D1%82%D1%80%D1%83%D0%BA%D1%82%D1%83%D1%80%D1%8B_%D0%A0%D0%9D%D0%9A_%28back-end%29_%28%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82%29 2026-06-06T16:23:02Z История изменений этой страницы в вики MediaWiki 1.45.3 https://wikicshse.ru/index.php?title=%D0%9C%D0%BE%D0%B4%D0%B5%D0%BB%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D0%B5_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%B5%D0%BD%D0%BD%D0%BE%D0%B9_%D1%81%D1%82%D1%80%D1%83%D0%BA%D1%82%D1%83%D1%80%D1%8B_%D0%A0%D0%9D%D0%9A_(back-end)_(%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82)&diff=1202&oldid=prev 2015-10-20T07:44:01Z

<p>Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru</p> <p><b>Новая страница</b></p><div>{{Карточка_проекта<br /> |name=Моделирование пространственной структуры РНК (back-end)<br /> |mentor=Залевский Артур<br /> |mentor_login={{URLENCODE:Aozalevsky|WIKI}}<br /> |semester=Весна 2015<br /> |course=1<br /> |summer=<br /> |categorize=yes<br /> |is_archived=yes<br /> }}<br /> <br /> === Что это за проект? ===<br /> Мы сформулировали и применили свой [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2779675/ подход] к реконструкции пространственной структуры РНК на основе данных о [https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B8%D0%B1%D0%BE%D0%BD%D1%83%D0%BA%D0%BB%D0%B5%D0%B8%D0%BD%D0%BE%D0%B2%D0%B0%D1%8F_%D0%BA%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%BE%D1%82%D0%B0#.D0.A1.D1.82.D1.80.D1.83.D0.BA.D1.82.D1.83.D1.80.D0.B0 вторичной структуре] и дополнительных дистанционных ограничений, который показал хорошие результаты при сравнении с полученными позже экспериментальными данными. После публикации статьи мы сделали [http://dualopt1.cmm.msu.ru/ веб-сервис], реализующий этот подход, однако он уже порядком устарел и мы хотели бы его существенно улучшить, как с точки зрения науки, так и качества реализации.<br /> <br /> === Чему вы научитесь? ===<br /> * Познакомитесь с пространственными структурами различных биомолекул.<br /> * Освоите некоторые методы молекулярного моделирования, применяемые в самых разных областях научного знания: от создания лекарств до разработки метаматериалов.<br /> <br /> === Какие начальные требования? ===<br /> * Желание разобраться в структурном многообразии нуклеиновых кислот.<br /> * Развитое пространственное мышление и некоторое знакомство с линейной алгеброй.<br /> * Базовые знания ОС GNU/Linux.<br /> * Базовые знания Shell, Perl, Python.<br /> <br /> === Какие будут использоваться технологии? ===<br /> * mercurial/git<br /> * Shell, Python<br /> * [http://www.gromacs.org GROMACS]<br /> * [http://www.pyrosetta.org/ PyRosetta]<br /> * [http://www.pymol.org PyMOL]<br /> <br /> === Темы вводных занятий ===<br /> * Нуклеиновые кислоты, связь структура - функция.<br /> <br /> === Направления развития ===<br /> * Чтение файлов формата [http://rna.urmc.rochester.edu/Text/File_Formats.html dot-bracket и ct];<br /> * Подготовка крупнозернистой модели и входных файлов для GROMACS;<br /> * Восстановление полноатомной модели;<br /> * Задокументировать код;<br /> * Опубликовать весь код под одной из лицензий для СПО;<br /> * Увеличить количество входных форматов файлов, обеспечить поддержку сырых экспериментальных данных;<br /> * Принять участие в [http://ahsoka.u-strasbg.fr/rnapuzzles/index.html конкурсе] по сравнению качества алгоритмов предсказания пространственной структуры нуклеиновых кислот.<br /> <br /> === Критерии оценки ===<br /> 4-5 Переработать существующий протопип, реализовать базовую функциональность бэкенда (чтение dot-bracket и ct, крупнозернистая модель), задокументировать код; &lt;br/&gt;<br /> 6-7 Реализовать полноценный бэкенд, реализовать восстановление полноатомной модели;&lt;br/&gt;<br /> 8-10 Увеличить количество входных форматов. Опубликовать код под СПО лицензией. По желанию, принять участие в конкурсе по оценке качества алгоритмов.</div>

imported>Ira dolgaleva