https://wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=%D0%A1%D0%B8%D0%BC%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%82%D0%BE%D1%80_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%87%D1%82%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B9_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B0_%28%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82%29 2026-06-06T19:21:04Z История изменений этой страницы в вики MediaWiki 1.45.3 https://wikicshse.ru/index.php?title=%D0%A1%D0%B8%D0%BC%D1%83%D0%BB%D1%8F%D1%82%D0%BE%D1%80_%D0%BF%D1%80%D0%BE%D1%87%D1%82%D0%B5%D0%BD%D0%B8%D0%B9_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B0_(%D0%BF%D1%80%D0%BE%D0%B5%D0%BA%D1%82)&diff=1634&oldid=prev 2015-10-20T07:52:03Z

<p>Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru</p> <p><b>Новая страница</b></p><div>{{Карточка_проекта<br /> |name=Симулятор случайных прочтений генома<br /> |mentor=Колесниченко Игнатий<br /> |mentor_login={{URLENCODE:Ignat|WIKI}}<br /> |semester=Весна 2015<br /> |course=1<br /> |summer=<br /> |categorize=yes<br /> |is_archived=yes<br /> }}<br /> <br /> === Что это за проект? ===<br /> Задача состоит в том, чтобы написать программу, которая генерирует случайные прочтения генома. Данная программа крайне полезна для тестирования различных алгоритмов выравнивания (https://ru.wikipedia.org/wiki/Картирование_коротких_прочтений). Также будет необходимо измерить качество различных алгоритмов выравнивания на симулированных данных.<br /> <br /> === Чему вы научитесь? ===<br /> Вы узнаете:<br /> * Что такое секвенирование генома нового поколения, и как обрабатываются его данные. <br /> * Какие ошибки бывают в данной технологии и как такие ошибки можно симулировать искусственным образом. <br /> * Как сравнивать различные выравниватели и визуализировать результаты сравнения.<br /> <br /> === Какие начальные требования? ===<br /> Необходимо на базовом уровне знать C++ и Python, а также желание разобраться в том, как анализируется геном.<br /> <br /> === Какие будут использоваться технологии? ===<br /> В процессе работы необходимо будет работать с разными форматами представлени геномных данных (fastq, fasta, sam, bam) а также запускать различные программы для их обработки (BWA, Bowtie, Shrimp).<br /> <br /> === Темы вводных занятий ===<br /> * Введение в молекулярную биологию: что такое ДНК, геном, белки, мутации.<br /> * Алгоритмы выравнивания коротких прочтений.<br /> <br /> === Направления развития ===<br /> * Научиться генерировать разные типа ошибок: точечные мутации, короткие инсерции/делеции, длинные инсерции/делеции, транслокации. <br /> * Научиться учитывать специфику различных секвенаторов: падение качества выравнивания ближе к концу рида, парные риды, высокая частота точечных делеций и.т.д<br /> <br /> === Критерии оценки ===<br /> * 4-5 – необходимо написать простейший алгоритм генерации случайных прочтений, учитывающий точечные мутации. С помощью сгенерированных данных необходимо измерить качество хотя бы двух выравнивателей.<br /> * 6-7 – алгоритм должен уметь генерировать инсерции и делеции, иметь разные настройки про желаемое покрытие, частоту мутаций и пр.<br /> * 8-10 – генерация данных специфичных для различных выравнивателей и сравнение качества работы различных специфичных выравнивателей с учетом полученных данных. Добавление в сравнение качества коллеров мутаций.</div>

imported>Ira dolgaleva