https://wikicshse.ru/index.php?action=history&feed=atom&title=MinorBioinformaticsMinorBioinformatics - История изменений2026-06-06T11:03:24ZИстория изменений этой страницы в викиMediaWiki 1.45.3https://wikicshse.ru/index.php?title=MinorBioinformatics&diff=479&oldid=previmported>Mpoptsova: Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru2020-04-29T19:47:03Z<p>Migrated current public revision from wiki.cs.hse.ru</p>
<p><b>Новая страница</b></p><div>'''Часть 1. Элементарная геномика (модули 1-2)'''<br />
<br />
<br />
<nowiki>В курсе «Элементарная геномика» изучаются основные закономерности молекулярной эволюции и математические методы анализа молекулярных последовательностей, включая алгоритмы поиска гомологичных последовательностей, выравнивания последовательностей и построения филогенетических деревьев, алгоритмы поиска ортологов и горизонтально перенесенных генов, предсказания генов и поиск мотивов, методы аннотации геномов de novo генами и функциональными элементами. Изучаются алгоритмы и методы предсказания вторичной структуры ДНК, РНК и белков.</nowiki><br /><br /> <br />
<nowiki>В течение курса студенты познакомятся с основными биоинформатическими ресурсами, включая базы данных, веб-порталы, компьютерные программы для работы с базами данных молекулярной биологии, а также программами, реализующими биоинформатические методы.</nowiki><br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Лекции</big>'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Введение. Основы молекулярной биологии.<br />
Клетка, геном, белки, поток информации, генетический код. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1SEOTQyumGUff8Bwu54skDpu0ts38PfMG презентация]<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Организация геномов прокариот и эукариот. Гены и регуляторные элементы. <br />
Белок-кодирующие и РНК-кодирующие гены. Экзоны и интроны. Сплайсинг. Промоторы и энхансеры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ztbsYvKollDlx81Wd5ovTpsyn9_CB9DV презентация]<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Молекулярная эволюция. Поиск схожих последовательностей. Алгоритм и программа BLAST. Статистика локального выравнивания.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16fp0ihbVnmlo7LJ-D2HZqcOfBmNacy_J презентация]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Алгоритмы попарного и множественного выравнивания последовательностей. Динамическое программирование.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1Ojg-FvNPtAgFqjn7LfzYnGn-6Mh4TkYj презентация] <br />
<br />
'''Лекция 5.''' Множественное выравнивание. Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Методы расстояний. Метод UPGMA. .<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1-bIo6JuF0MRyM7mt4T-n-vZVk2rObyEP презентация] <br />
<br />
'''Лекция 6.''' Филогения. Методы построения филогенетических деревьев. Метод ближайшего соседа (NJ). Метод максимальной бережливости. Метод максимального правдоподобия. Бутсрэп-оценка построенного дерева.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=11J9VgXcfl5bHq20oGzkybUNhjhSUtgye презентация]<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Гомологи, ортологи и паралоги. Методы автоматического поиска ортологов. Поиск горизонтально перенесенных генов. Белки и базы данных белков. Genbank, Uniprot, PDB.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mxx1aYBJ68GQjLc7ZmedyB-R_0xTOJWW презентация]<br />
<br />
'''Лекция 8.''' Эволюционный отбор. Гены под действием положительного или отрицательного отбора.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1GofcpJZwkxbRYX0LSN_09dPmEtq8dOqd презентация]<br />
<br />
'''Лекция 9.''' Поиск мотивов. Представление мотивов в виде позиционных весовых матриц (PWM).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1FTVkpMfYLSEdNH6RW8i-xXu3vQp7jwN8 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 10.''' Вторичные структуры белка. Альфа-спираль и бета-лист.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11SZP3IE5yNEkCwdmlvuYo_M-QXUNz_ka презентация]<br />
<br />
'''Лекция 11.''' Предсказание генов de novo. Алгоритмы в основе предсказания генов. Цепи Маркова. Скрытые цепи Маркова. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qprIpzYvaQBnFHjG-dc_KOPv_n4ZMMma презентация]<br />
<br />
'''Лекция 12.''' Вторичные структуры РНК. Методы предсказания вторичной структуры РНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KyqBlnLG97l5ZqCksdssAZPulnoQMcU_ презентация]<br />
<br />
'''Лекция 13.''' Вторичные структуры ДНК. Квадруплексы, триплексы, крестообразные структуры.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1IcnfVG8KdP9bOeGCV4NaV1FsXruHJb69 презентация]<br />
<br />
'''Лекция 14.''' Аннотация геномов de novo.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hkVgI_EDKwj5qwAnndZFRDR1dnjptixr презентация]<br />
<br />
<br />
<br />
'''<big>Семинары</big>'''<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Введение в систему Unix. Основные команды Unix. Файловая система. Навигация. Командная строка. Просмотр файлов. Bash-скрипты.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hLa__Y062bnLyZ4-vytNgD-Pn61Ff0SC содержание] [https://drive.google.com/drive/folders/1jszxyxC9TIo_RMlfp6FDfWw7gOIKP7Sb?usp=sharing данные]<br />
<br />
'''Семинар 2''' Базы данных геномов бактерий, человека и разных видов. Файлы аннотации геномов генами. Стренды. Геномный браузер UCSC.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=14zRZtVHzZEbtmBDOCZEiXSwufafvdsrR содержание] [https://drive.google.com/open?id=1ylKG_UwtBLNOEUJ49nvWePVhgfgaJsgN данные]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Программа BLAST. Поиск схожих последовательностей. Определение последовательностей из метагеномного исследования с помощью BLAST.<br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1TjvX5LxOhGapzE5S4qxwY9iQt08C0-nU содержание] [https://drive.google.com/open?id=1mb7ocLgqKh3OzKGIPGyQthF8gZWw0nqZ данные]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Введение в биопитон. <br /> <br />
[https://drive.google.com/open?id=1x4iLR3eD1f983rBLmKID9rSJl3khFscL Питоновский ноутбук.]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Программы ClustalW, Muscle, TCoffee, Mega. Программа MEGA. Выравнивание последовательностей на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA).<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1jYnA8_hATXKi1uyLI9qsPjVbCf_-iFyo содержание] [https://drive.google.com/open?id=1Jhdw2cPNk_R_P9KKuFrO4EEVyKSmIag4 данные]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Филогенетика. Интеины. Определение горизонтально перенесенных генов. Определение ортологов и паралогов по филогенетическим деревьям. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=16GteufrUZzYk-IQJSy5JPCo3kkRZIPcZ содержание] [https://drive.google.com/open?id=1M-EH5B8aCayXHkdttmIWJOFFXn0Er5Mt данные]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Изучение 3-х мерной структуры белка по базе данных PDB. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Lm9L0nEHp5LNL9rlTvWzxPJT-wgMbCbl содержание]<br />
<br />
'''Семинар 8.''' Определение генов под действием отбора. Отношение dN/dS. Программа PAML. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1qHZn1hV5sTN70aRQrvhyRlRmcfHX7MnZ содержание]<br />
<br />
'''Семинар 9.''' Построение PWM с помощью сервиса RSAT. Представление мотива в виде LOGO. Сайты factorbook и Jaspar. Поиск мотивов de novo с помощью сайта MEME, RSAT и программы homer. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dk-fBBka2d1oedX4Vp1WDnwZrp3_lsBV содержание] [https://drive.google.com/open?id=1cPxSHB4MIPzjquzaTwfusq5M-mZ91vyJ данные]<br />
<br />
'''Семинар 10.''' Методы определения альфа-спирали и бета-структуры. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1mE50tGlmffM1mqzUBGeeB8-x-eSLtNS9 содержание]<br />
<br />
'''Семинар 11.''' Предсказание генов de novo. Программы Glimmer, Prodigal, GenMark. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1ctKRASiBBk1ni2rYMv1OEYMnlmewcBMm содержание] <br />
<br />
'''Семинар 12.''' Программа RNAFold. Структурное выравнивание (LocARNA). База данных RFam. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RzTM93wy1eijtbLGiLJD123NhL2PbZSk содержание]<br />
<br />
'''Семинар 13.''' Методы аннотации геномов квадруплексами, Z-ДНК, структурами стебель-петля. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1446-4Vz4nvi4Z5qr1fRwH-f8MSX141na содержание]<br />
<br />
'''Семинар 14.''' Серверы аннотации геномов Prokka, RAST, SEED. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=13f--z2iaCSnQz-JhhRiy0Vcb1nDWkltO содержание]<br />
<br />
<br />
'''Часть 2. Медицинская биоинформатика (модули 3-4)'''<br />
<br />
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец. Дается представление о микробиоме и эволюции вирусов.<br />
<br />
<br />
'''Модуль 3. Геномика человека'''<br />
<br />
'''Лекция 1.''' Полиморфизм человека. SNPs и структурные варианты. Связь с заболеваниями. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1QJo71NnlXMOVm933a2B9NIkercAQTtLz презентация]<br />
<br />
'''Семинар 1.''' Базы данных SNP и структурных вариантов человека. Влияние SNP на структуру белка.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1x79MR89qmNK0EM2S2ckxHFsQRIpPDbEj содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 2.''' Генотип и гаплотип. SNP и тегированные SNPы. Исследования GWAS. Тест хи-квадрат. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1pUxqK8_GQTAeAB5Iv8er-Pfb-zTUt8v8 презентация]<br />
<br />
'''Семинар 2.''' Генотипы, минорные аллели, локусы. Пример GWAS для одного SNP. Тест хи-квадрат.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1wJT9C3P8A13AYTPtrD3KUUk3toqIOnjl содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 3.''' Исследования GWAS. Элементы популяционной генетики. Гаплотипы и гаплогруппы. Митохондриальная Ева и Y-хромосомный Адам. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11cX9S2lDRBJ7iHAPrZ9779MO1mZ_UNvl презентация]<br />
<br />
'''Семинар 3.''' Ассоциациии признака с аллелью и генотипом. Отношение шансов и оценка риска. Примеры отчетов компании 23 and me. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1sEc5Cl8zgsPSMvHP4WQ64gOaRa06Gik5 содержание]<br />
<br />
'''Лекция 4.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетическая генеалогия. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1eQ7NwWRA9aUs5R8n7efcctZsa1iLsnmD презентация]<br />
<br />
'''Семинар 4.''' Генетическая карта России. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1RfFmdAE7d8Qw1Sa-DpxxOFpdGHBu7x2b содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 5.''' Александр Ракитько, компания Генотек. Генетика здоровья. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1dfGVgjTRm3vGJQ8op4WRAnT9bOgzgUnr презентация]<br />
<br />
'''Семинар 5.''' Исследование на ассоциацию варианта с заболеванием. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1PPqAGcQBRH22ZBido_D46kTvNnTME7Pq содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 6.''' Генетика рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Bs0EKBUCM6N3wW6I6c2rS6SNE4PpXScd презентация]<br />
<br />
'''Семинар 6.''' Классификация генов, связанных с раком. Исследование данных пациентов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1MV4AHEoakFinvamwNSb7ljKtT0JC_dL6 содержание]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 7.''' Проект Панрак (Pancancer). Краткий обзор последних результатов. Иммунотерапия рака. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17-CHe5OCsCtYkjR1MQryCl8yIhzQey0d презентация]<br />
<br />
'''Семинар 7.''' Классификация типов лейкемии по данным экспресси генов. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1kBVaCkmxvbw44vQdwJ0Lp1lX9Pg2C_h3 содержание] [https://drive.google.com/open?id=1SM4MOaB1HgRUe-xLIylkgpGCK0ppC0VB данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 8''' Чем и почему разные народы отличаются на уровне генов? <br /><br />
Светлана Александровна Боринская, доктор биологических наук, зав.лаб анализа генома Института общей генетики им. Н.И.Вавилова <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1lg_i2c-qGwRS-IwTQO_HEhM2_EwO_BfC презентация]<br />
<br />
'''Семинар 8''' Распределение частот аллелей гена для MAOA в этнических группах, для LCT в единственной группе русских. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=17XjDZQNyw_cN_eS3tB3xMy2Cq1AgFgIl содержание] [https://drive.google.com/open?id=1VD5TXHgLjAeoGVXU2jzbEPLl1CXDqE3y данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 9''' Вирусы. Общее строение и цикл воспроизведения. Структура коронавируса SARS-CoV-2. Как коронавирус заражает клетки человека. Вакцины и иммунный ответ. Вирус гриппа. <br />
[https://drive.google.com/open?id=1OQnC4riWK3eBBJp6cIoZ92Fxt1cHKbMz презентация]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 10''' Коронавирусы. Семейство коронавирусов. Геномика и протеомика. Эволюционный анализ коронавирусов SARS-cov-1 и SARS-cov-2 человека, летучих мышей и панголин. Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека.<br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1Y-ceNwkL1Ge4W0AtQBsHH4aT-rjs7iUa презентация] [https://drive.google.com/open?id=11VR2Q_dw31vpl1Ov2ZWhpHlft9m9kGpD видео]<br />
<br />
'''Семинар 10''' Эволюционный анализ вируса SARS-cov-2 из разных популяций человека <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1DJ3F71jQlBuak2H0cq7FxWK0X1POfPV- содержание] [https://drive.google.com/open?id=1sB-_muNqfG5IIJoSnLyZg4-tqqo7rZo7 данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 11''' История вакцинации. Вариоляция. БЦЖ. Типы вакцин. Струкуры комплексов связывания белка шипа коронавируса (S) и фермента ACE2. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1rJWyqiyplCJIr2nZi7pvHZWJT-i-XK_K презентация] <br />
<br />
'''Семинар 11''' Изучение структур белков Spike (S) вирусов SARS-cov и SARS-cov-2, а также фермента ACE2 и комплекса SARS-cov - ACE2 . <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1hksd8NnJLwIJoYB_HUfVD3lMmoPqVUUd содержание] [https://drive.google.com/open?id=1kdVFoos5bMb21Uv2y-NWjpdMcxuT9i0N данные]<br />
<br />
<br />
'''Лекция 12''' Что нового по коронавирусу? Синтетические геномы. Сравнительная геномика человека и шимпанзе. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1KZ8y-TEz8Idi7N_j6Mprt5YpSDyTvlhg презентация] <br />
<br />
'''Семинар 12''' Сервер Vista - визуализации выравниваний геномов человека и шимпанзе. Анализ участка ускоренной эволюции HAR1. Анализ гена речи FOXP2. <br /><br />
<br />
<br />
'''Лекция 13''' Неандерталец и денисовец. Сравнительная геномика человека, неандертальца и денисовца. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=1xv2Jq097NxVY-qAqCY06GnToc925mfmE презентация] <br />
<br />
'''Семинар 13''' Изучение эволюции неандертальце и денисовцев по митохондриальной ДНК. <br /><br />
[https://drive.google.com/open?id=11S3VmnYYlMQYwc8HHZ5pu1Fy2202O5_D содержание] [https://drive.google.com/open?id=1fkrgOvJQ1wv_5_0grKmbKC4mTKeLv8lQ данные]</div>imported>Mpoptsova